Virgin Express wurde im Jahr 1991 als EuroBelgian Airlines gegründet um nach dem Konkurs der Air Europe die entstandene Marktlücke zu füllen. Sie wurde als Charterfluggesellschaft etabliert, doch bereits nach fünf Jahren übernahm Richard Branson, Gründer der Virgin Group, die komplette Fluggesellschaft.

Es erfolgte die Umbenennung in Virgin Express und von nun an versuchte man als Billigfluggesellschaft den belgischen Markt, der von der Sabena World Airlines beherrscht wurde, zu erobern. Bald darauf wurde eine Partnerschaft mit dieser geschlossen um eine direkte Konkurrenz zu vermeiden. Sabena ging jedoch infolge des 11. Septembers und dem Swissair-Konkurs bankrott. Von nun an kooperierte Virgin Express mit der Sabena Nachfolgegesellschaft SN Brussels Airlines und verschmolz mit dieser im Jahr 2005 zu einer Fluggesellschaft mit vorerst unterschiedlicher Farbgebung.

Im März 2006 entschied die gemeinsame Muttergesellschaft, SN Airholding, beide Fluggesellschaften unter dem Namen Brussels Airlines fortführen zu wollen.