Nachdem die staatliche Aerolinas Peruanas SA (APSA) 1973 Konkurs angemeldet hatte entstand Aero Peru als direkte Nachfolgegesellschaft Aero Peru wurde mehr oder weniger aus der gleichen Crew gebildet, die schon vorher für den Konkurs der APSA und der STACO verantwortlich waren. Im Gegensatz zu diesen beiden Airlines stand Aero Peru jedoch unter der Aufsicht der Peruvian Air Force. Als Basis wurde Lima gewählt.

Als erstes Muster stellte man 3 Fokker F-28 für Inlandsflüge in Dienst. 1974 stießen ältere Boeing 727-100 zur Flotte hinzu. Für interkontinentale Dienste beschaffte man 1974 zwei Douglas DC8-54 aus Beständen der VIASA.
Aus Beständen der Pazifik South Airlines konnte im Dezember 1978 eine erste, relativ neue Lockheed L1011 übernommen werden. N10112 landete in Lima am 12. Dezember 1978. Am 23. November 1979 landete mit der N10114 eine zweite Lockheed L1011 für Aero Peru. Beide Maschinen wurden vorrangig auf Routen in die USA eingesetzt.

Anfang 1980 begann der Privatisierungsprozess bei Aero Peru und bereits Mitte 1981 wurde dieser abgeschlossen. Nach umfangreicher Restrukturierung der Airline sah man sich Mitte 1982 gezwungen zuerst beide L1011 an Lockheed zu retournieren. Inlandsdienste bediente man nach wie vor mit Boeing 727-100 und Fokker F28. Die zwei Douglas DC8-54 standen zeitweise über Monate am internationalen Flughafen von Lima still und wurden 1988 verkauft. Als Ersatz wurden Boeing B757 beschafft.

Anfang 1988 bediente man die folgenden Destinationen : Bogota, Buenos Aires, Caracas, Mexiko City, Miami, Rio de Janeiro und Santiago und beschloss, an die Börse zu gehen.

Einen ersten schweren Unfall verzeichnete man am 25. Oktober 1988, als eine F28-1000 kurz nach dem Start vom Flughafen Juliaca in Peru abstürzte. Einer der 4 Crewmitglieder sowie 11 der 65 Passagiere fanden bei diesem Unfall den Tod.

Auf der Grundlage immer niedriger Auslastung begann das Management weitere Aktien auf den Markt zu werfen. Weiterhin suchte man händeringend nach Partnerairlines. Die mexikanische Aeromexico übernahm Anfang 1990 schließlich 47% der Aero Peru Aktien. Die Aero Peru Boeing B757 wurden fortan in Aeromexico Lackierung eingesetzt.

Aero Peru bediente ein recht gutes Streckennetz. Alleine die völlig überalterten Boeing 727-100 und Fokker F-28 verhinderten ein Vertrauen des Passagiers und damit eine erhöhte Auslastung der Flugzeuge. Politische Eigenheiten verhinderten jedoch, das z.B. Aeromexico diese Strecken mit modernerem Fluggerät bedienen durften. Um trotzdem die Streckenrechte zu erhalten, gründete Aeromexico die CINTRA und diese übernahm 1992 schließlich den Großteil der Aero Peru Aktien.

Hier begann der Anfang vom Ende. Während Aeromexico ab 1993 die lukrativen Strecken übernahm, musste Aero Peru mit immer älter werdendem Gerät die wenig gewinnbringenden Strecken bedienen. Zudem begann Aeromexico lukrative Codesharing Abkommen mit Delta Airlines zu schließen ohne Aero Peru auch nur annähernd davon profitieren zu lassen.

Am 02. Oktober 1996 stürzte eine Boeing 757-200 auf dem Flug von Lima, Peru nach Santiago, Chile in den Pazifischen Ozean. Hierbei fanden alle 9 Crewmitglieder und 61 Passagiere den Tod.

Nach diesem Unfall wurden die verbliebenen Boeing B757 nur noch von Aeromexico Crews geflogen und dort auch entsprechend gewartet. Mit verblieben 3 Boeing 727-100 und 2 Fokker F-28 kämpfte Aero Peru nun einen aussichtslosen Kampf gegen fehlendes Verbrauchervertrauen auf nicht lukrativen Strecken, die zudem noch von anderen Inlandsfluglinien (Americana, Faucett, Aviandina, Air Condor, TANS, Lan Peru und Taca Peru) mit modernerem Gerät bedient wurden.

Mitte 1998 stellte man den Flugbetrieb ein nachdem über eine Zeitraum von 3 Monaten keine 100 Flugtickets mehr verkauft werden konnten. 1999 meldete Aero Peru endgültig Konkurs an.